Première Université du pays, elle a été créée en 1970, sous l’appellation d’Université Nationale du Gabon (UNG). Elle a pris son nom actuel en 1978. À la suite de restructurations, certains établissements ont été détachés pour donner naissance à des grandes écoles (École normale supérieure de l’enseignement technique, Institut universitaire des sciences de l’organisation, etc.) ou à d’autres universités (université des sciences et techniques de Masuku, université des sciences de la santé de Libreville, etc.) L’Université Omar Bongo est spécialisée dans les sciences humaines.
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